名探偵コナン好きな人！

アガサ（黒幕）は何故新一（コナン）を生かしているのかと言うと組織の目的の一つが「不老不死の研究」だから、APTX4869の本来の効能"幼児化"は不老不死に関連している。
つまりアガサはこの貴重な実験動物を観察してるってワケ、だから灰原愛も自分の手の届くところに置いてるわけ。
警察に行かない事は博士が一番良く知っているなぜなら「正体がばれると周りに危害が及ぶ」と新一に心理的圧力を掛けたのは・・・

なるほどね。でもそれだけでは博士が黒幕って証拠は全然ありませんよ。
データの件は？コナンが何もしなくても、警察等に組織のデータが流出する可能性はありますよ。
観察してるだけなら黒幕とは限らないですよね？組織の命令で無理矢理アガサ博士にやらせてる可能性もありますし。一応博士ですから。
それに黒幕が観察をする必要性も無いでしょう。まぁ盲点は付いてますけどね。でも黒の組織は完全秘密組織なので新一の推理力、観察力の前にわざわざ組織側から穴を見せるのはおかしくないですか？それを一番理解し、恐れる人物は長年身近に居る阿笠博士です。

一回、阿笠博士とウォッカが出会いそうになった事あるよね。
雪のロッジで。

後、博士が黒幕なら、ベルモッドがわざわざ灰原を拉致するかな？
黒幕差し置いて。

黒幕は警察関係者じゃないかと小生は思う。
根拠はないがな。

もちろん新一が生きていると知ったらジンは殺しに来るでしょう。

以下ウィキ
「もし暗殺者の正体がバレた場合はたとえそれが組織の重要人物であろうとも迷わず消すなど、現場に証拠を全く残さず暗殺を果たすやり方をする（ジン曰く「それが組織のやり方だ」）。」

アガサは貴重な実験体を失いたくない、しかしモチロンそれがばれたら例えボスでも消され掛けない・・だからアガサは組織にも報告はしないし、自身、報告義務はないと思っているのです、
そう、実に危険な橋を渡っているのです。
それがストーリー後半組織にバレ、組織ＶＳ組織を追われたアガサＶＳコナンとなり実に面白いストーリー展開に・・
第二に何故、新一に組織の穴を見せるのか、ですがそれが組織の危険とは考えていないからです。事実、新一が黒の組織のしっぽを掴んだことがありませんし、もし掴んだとしても長年身近にいるアガサなら新一に気づかれず証拠を消すことも、厄介になったら新一自体を消すことも出来るからです。